菌袋在室內培養期間要翻堆4～5次，第1次在接種后6～7天，以后每隔7～10天翻堆一次。翻袋時認真檢查雜菌，及時處理。 輕度污染只在菌袋扎口處或褶皺處出現零星點狀或絲狀的雜菌小菌落，沒有蔓延的可用注射針筒吸取75%的酒精50毫升配加36%的甲醛30毫升的混合液，注射受害處，并用手指輕輕按摩表面，使藥液浸入雜菌體內，然后用膠布粘住注射口。 

接種穴污染雜菌侵入接種穴，而菌絲還處于生長階段，對香菇菌絲生長影響不太大的菌袋，可先用5%～10%的石灰水上清液，后用50%多菌靈溶液抹涂患處，但要避免涂到香菇菌絲。如發現死菌的，應在無菌條件下重新接種。 嚴重污染菌袋基本遍布雜菌花斑點，應采取破袋取料，拌以3%的石灰溶液悶堆一夜，攤開后曬干，重新配料，裝袋滅菌，再接種培養。